Atribui-se a origem do povoado de São João de Pirabas, segundo a crônicas históricas, ao assentamento de duas famílias identificadas pelos sobrenomes de Florêncio, Matos Muniz e a do português Barbado por volta da segunda metade do século XIX.
O nome do município se deve a existência de uma espécie de peixe conhecido pelo nome de piaba ou pirabas, que é bastante abundante nas águas doces dos seus rios e o “São João” é resultado da grande devoção na qual os habitantes tinham pelo santo do mesmo nome.
Theodoro Braga e Palmaz Muniz, nos seus relatos históricos sobre S. J. Pirabas, registram que em 06 de junho de 1895, através da Lei nº 342, foi reconhecido como povoado do município de Salinópolis, entretanto somente em 16 de janeiro de 1896, por força do Decreto nº 166, a lei foi promulgada. De acordo com os mesmo historiadores citados acima S. J. de Pirabas conseguiu sua elevação a categoria de município de Salinópolis no ano de 1901, o que ficou referendado pela Lei nº 697 de 22 de outubro do mesmo ano. Sob essa categoria S. J. de Pirabas passou a existir como distrito de Salinópolis, caracterizando-se por ser um ponto terminal de navegação a vapor pela Amazon River Company na Região do Salgado, o que resultou em um grande crescimento urbano.
Quando em 1930 o município de Salinópolis foi extinto, toda a sua área patrimonial foi anexada ao município de Maracanã até o ano de 1933, quando mediante a promulgação do Decreto Estadual nº 1002 de 30 de junho, Salinópolis voltou a ser conduzida a categoria de município.
Em 11 de fevereiro de 1962, S. J. de Pirabas deixou de pertencer ao município de Salinópolis, pois a partir da criação do município de Primavera as sua área patrimonial passou a pertencer ao novo município. Somente em 1988, mediante a aprovação da Lei nº 5453 de 10 de maio, São João de Pirabas consegui ser reconhecida como município, adquirindo desde então autonomia política e administrativa.
Fonte: wikipedia
